Detekcia nádorov prostaty v MR snímkach

(Diplomová práca)

  • Názov: Detekcia nádorov prostaty v MR snímkach
  • Školiteľ: RNDr. Zuzana Černeková, PhD.
  • Cieľ a anotácia: Detegovať nádory prostaty z multiparametrického MR vyšetrenia metódou neurónových sietí. Naštudovať problematiku spracovania medicínskych dát pomocou neurónových sietí. Analyzovať existujúce riešenia publikované v dostupnej odbornej literatúre. Navrhnúť sieť vhodnú na detekciu tumorov prostaty v MR snímkach. Túto sieť otestovať a vyhodnotiť výsledky.

Zdroje

  • Článok: A new approach to diagnosing prostate cancer through magnetic resonance imaging (Li Zhang, Longchao Li, Min Tang, Yi Huan, Xiaoling Zhang, Xia Zhe),
  • Článok: Prostate Cancer Detection using Deep Convolutional Neural Networks (Sunghwan Yoo, Isha Gujrathi, Masoom A. Haider, Farzad Khalvati),
  • Článok: The Expanding Role of MRI in Prostate Cancer (Gillian Murphy, Masoom Haider, Sangeet Ghai, Boraiah Sreeharsha),
  • Článok: Automated grading of prostate cancer using convolutional neural network and ordinal class classifier (Bejoy Abraham, Madhu S. Nair),
  • Článok: Exploiting Interslice Correlation for MRI Prostate Image Segmentation, from Recursive Neural Networks Aspect (Qikui Zhu, Bo Du, Baris Turkbey, Peter Choyke, and Pingkun Yan),
  • Diplomová práca: DETEKCIA OBLIČKOVÝCH KAMEŇOV V CT SNÍMKACH (Bc. Martin Demeter),
  • Článok: U-Net: Convolutional Networks for Biomedical Image Segmentation (Olaf Ronneberger, Philipp Fischer, Thomas Brox),
  • Článok: Convolution-Free Medical Image Segmentation using Transformers (Davood Karimi, Serge Vasylechko, Ali Gholipour),

Latex

Denník

  • Študovanie problematiky - články (témy: rakovina prostaty, detekcia prostaty z medicínskych snímok, detekcia rakoviny prostaty v medicínskych dátach, klasifikácia rakoviny), podobné práce na fakulte zamerané na medicínsku problematiku

  • Implementácia konvolučnej neurónovej sieťe, ktorá detekuje či sa na snímke nachádza alebo nenachádza prostata. Ako vstup do siete boli použitý voľne prístupný dataset, ktorý sme sie oleblovali. ( dataset )

  • Hľadanie datasetu, ktorý využijem v diplomovej práce na detekciu rakoviny, ktorý ma dostatočný počet pacientov a dáta vhodne olablované tak aby sme ich vedeli použiť v diplomovej práci. Našla sme dataset, ktorý obsahuje dostatočne veľa olablovaných dát pre potrebu diplomovej práce.

  • Príparava datasetu pre neurónovú sieť, študovanie najvhodnejších modelov na detekciu rakoviny. Preštudovanie modelu UNet, ktorý sa zdá ako najvhodnejší na prácu s medicínskymi dátami. UNet dokáže dosahať dobré výsledky aj na menšom počte snímkov a sieť je dobre adapdovateľná pre rozličné úlohy.

  • Implementácia modelu UNet na detekciu rakoviny prostaty, bez predošlej detekcie prostaty. Použitie predpripraveného datasetu na trénovanie modelu.