Vizualizácia výsledkov
Meno: Bc. Monika Buchalová
Školiteľ: doc. Mgr. Tomáš Vinař, PhD.
E-mail: buchalova6@uniba.sk
Identifikácia plazmidov v sekvenačných dátach s krátkymi čítaniami je dôležitou úlohou.
Cieľom tejto diplomovej práce je aplikovať mechanizmus pozornosti (attention) na problém klasifikácie kontigov v assembly grafoch pomocou architektúry plASgraph2. Plazmid je malý kruhovito stočený úsek DNA, ktorý sa nachádza voľne v cytoplazme baktérií. Práve plazmidy sú častou príčinou šírenia antibiotickej rezistencie medzi bak- tériami. Identifikácia plazmidov z krátkych sekvenčných dát je však náročná. V práci sa preto zameriavame na využitie Graph Attention Networks (GAT) ako súčasti grafovej neurónovej siete, ktorá rozhoduje, či daný kontig pochádza z plazmidu, z chromozómu alebo má nejednoznačný pôvod. Súčasťou práce je analýza existujúcich riešení, aktual- izácia softvérového kódu pre nové verzie knižníc a príprava experimentálneho prostredia pre ďalší výskum.
Zdrojové súbory diplomovej práce sú dostupné na stiahnutie vo formáte ZIP:
Stiahnuť ZIPLink na github repozitár so zdrojovými kódmi:
Github| Úloha | Stav | Dátum |
|---|---|---|
| Analýza článkov GAT a plASgraph2 | ✅ Hotovo | marec 2025 |
| Testovanie kódu a knižníc | ✅ Hotovo | apríl 2025 |
| Implementácia vlastnej úpravy | ✅ Hotovo | máj 2025 |
| Úloha | Stav | Dátum |
|---|---|---|
| Implemetácia attention mechanizmu | ✅ Hotovo | november 2025 |
| Vytvorenie experimentov | ✅ Hotovo | november 2025 |
| Evaluácia klasifikácie a jej vyhodnotenie | ✅ Hotovo | novemver 2025 |
| Urobiť evaluáciu pomocou scriptu, ktorý sa použil na evaluáciu v článku, keďže moja evaluácia sa nezhoduje s článkom | 🕒 Plánované | december 2025 |
| Porovnanie dvoch evaluačných scriptov, nájdenie chyby | 🕒 Plánované | december 2025 |
| Úprava štruktúry grafu, pre maximálne zefektívnenie attention mechanizmu | 🕒 Plánované | január 2025 |
| Vytvorenie a evaluácia experimentov pre vylepšenú verziu grafu | 🕒 Plánované | február 2025 |
| Porovnanie výsledkov s existujúcimi nástrojmi | 🕒 Plánované | marec 2025 |